En un estudio realizado por Diana Esther Levín y José Villarruel que recorre la historia de esta Universidad se señala que uno de los primeros antecedentes es la creación de la Facultad de Ciencias de la Educación, entonces dependiente de la Universidad Nacional del Litoral.

Los autores afirman que “las gestiones del gobernador Albariños durante 1951 permitieron que la Facultad de Ciencias de la Educación de la Universidad Nacional del Litoral, planificada para tener su sede en la ciudad de Rosario, funcionara en la ciudad de Paraná.”

Posteriormente, a fines de esta década, también se conformaron distintos movimientos que lucharon activamente para lograr la conformación de la UNER, entre ellos el Ateneo Universitario de Entre Ríos, el Movimiento Pro Universidad de Entre Ríos y la Confederación Estudiantil Pro Universidad de Entre Ríos. Los legisladores nacionales de aquella época apoyaban este proyecto que apuntaba –según indican Levin y Villarruel, a una “universidad articulada con las necesidades de desarrollo de la provincia y cuya conclusión no fuera la repetición de carreras tradicionales.”

En la década del 70, las políticas educativas orientadas por el Plan Taquini buscaron descentralizar y diversificar la educación superior, pretendiendo lograr un modelo de educación que instalara a las universidades como un agente productor de desarrollo anclado a las necesidades de cada región.
En este contexto, el interventor de la provincia de Entre Ríos, Brigadier Fabre, “solicitó a las autoridades de la Universidad Nacional del Litoral la creación de Centros de Estudios Superiores que satisfagan antiguas y sentidas aspiraciones de la comunidad local”, instando a que el gobierno nacional brindara el apoyo para lograr la creación de la Universidad con el objetivo de “crear una universidad de frontera que fortalezca culturalmente la zona del río Uruguay y que al mismo tiempo sea polo de atracción de una amplia región de la Mesopotamia.”

La UNER comenzó a organizarse durante el breve período de gobierno del Doctor Cámpora (1973) cuando el Doctor Miguel Angel Marsiglia fue designado como Rector normalizador. En el seno universitario un debate central correspondió al de la ubicación del Rectorado hasta que finalmente se acordó estaría en la ciudad de Concepción del Uruguay en reconocimiento de la tradición cultural de la ciudad y a la vocación universitaria del Colegio Nacional.

Los años de la última dictadura militar marcaron un proceso dentro de las universidades nacionales que Levín y Villarruel describen de la siguiente manera: “El golpe militar de 1976 profundiza la política universitaria iniciada por la llamada misión Ivanisevich. Es sancionada la Ley 21.276 que significó en el caso de las Universidades nacionales la intervención directa del gobierno militar a través de rectores interventores, el estricto control ideológico, político, educativo y cultural que ya se había iniciado en 1974, la reducción presupuestaria, la desvinculación de la política científica del ámbito universitario, el debilitamiento del campo científico producto de la represión, emigración, desapariciones y cesantías de docentes y estudiantes.”

A partir de 1983 la institución instauró un funcionamiento democrático, siguiendo los postulados de la Reforma Universitaria de 1918. En esta ocasión fue designado como Rector Normalizador el Dr. Eduardo Barbagelatta, quien luego fue electo para el mismo cargo en la primera Asamblea Universitaria celebrada en abril de 1986 en Concepción del Uruguay.

Actualmente, la Universidad está conformada por nueve facultades ubicadas en las ciudades de Paraná, Concepción del Uruguay, Concordia y Gualeguaychú y asume una forma organizativa descentralizada que la ubica como un referente a nivel provincial y nacional en su tarea de formación, investigación y trabajo conjunto con el resto de la sociedad.